Le plateau continental sud de Madère descend à 3 000 mètres à moins de douze milles marins du rivage, créant un corridor permanent pour les globicéphales, les grands dauphins et les dauphins tachetés de l'Atlantique. L'observation commerciale des baleines a commencé ici en 1989 après l'effondrement de l'industrie baleinière séculaire de l'île, et aujourd'hui, plus de vingt espèces de cétacés ont été documentées dans les eaux madériennes. L'archipel se situe au carrefour de trois courants atlantiques majeurs, attirant les baleines migratrices au printemps et les groupes résidents tout au long de l'année. Les excursions en catamaran à Funchal opèrent depuis la Marina do Funchal, un port abrité construit en 1989 qui sert désormais de principal point de départ régional pour les visites de la faune marine. Les navires — pour beaucoup des catamarans éco-certifiés équipés d'hydrophones et de moteurs à faibles émissions — transportent des biologistes marins qui commentent les rencontres et enregistrent les observations pour les études de population en cours du Musée de la baleine de Madère. La plupart des opérateurs appliquent un code de conduite volontaire adopté en 2018 : aucune poursuite, observation passive uniquement et une distance minimale de 50 mètres par rapport aux animaux. La bathymétrie abrupte de la côte sud signifie que les observations ont souvent lieu dans les trente minutes suivant le départ du port. Les grands dauphins privilégient les eaux au large de Cabo Girão, tandis que les globicéphales se rassemblent près des crêtes sous-marines où les calmars remontent au crépuscule. Les départs matinaux profitent d'une mer plus calme — les vents dominants de Madère se renforcent après midi — et d'une meilleure visibilité pour repérer les ailerons dorsaux contre les vagues. Le taux de réussite des observations avoisine les quatre-vingt-dix pour cent tout au long de l'année, bien que la composition des espèces change selon la saison : les rorquals de Bryde passent en automne, les cachalots plongent dans les canaux profonds en été et les dauphins communs apparaissent en grands groupes au printemps. La zone marine protégée de l'île, établie en 1986 et étendue en 2021, interdit le chalutage à moins de six milles du rivage. Ce cadre réglementaire a stabilisé les stocks de poissons et renforcé la réputation de Madère comme l'une des destinations d'observation des cétacés les plus fiables d'Europe. Les opérateurs naviguent désormais selon des programmes dirigés par des biologistes qui équilibrent le tourisme et la collecte de données de conservation, un modèle adopté après que des années antérieures de trafic maritime non réglementé ont perturbé les comportements d'alimentation et de soins.