La Marina do Funchal dispose de onze pontons le long d'un croissant de basalte volcanique qui protège soixante navires de l'Atlantique ouvert. Le port a été inauguré en 1989 pour remplacer le quai de l'époque coloniale à Pontinha, et aujourd'hui, il expédie des éco-catamarans, des goélettes traditionnelles à gréement aurique et des yachts de luxe le long de la côte sud de Madère. Les opérateurs travaillant depuis la marina détiennent des permis pour les zones d'observation des cétacés s'étendant sur vingt milles marins au large, où des groupes résidents de grands dauphins et de dauphins tachetés de l'Atlantique se nourrissent toute l'année dans des eaux dépassant quatre mille mètres de profondeur. Les départs des fêtes en bateau à Funchal se concentrent entre le matin et la fin de l'après-midi, pour coïncider avec les habitudes alimentaires des dauphins et la météo maritime réputée stable de l'île. Les promontoires volcaniques à l'est de la ville — Garajau, Ponta do Garajau et Cabo Girão — créent des courants thermiques ascendants qui attirent les globicéphales noirs et les globicéphales tropicaux plus près du rivage pendant les mois d'automne et d'hiver. Les croisières au coucher du soleil se dirigent vers l'ouest en direction de Câmara de Lobos, passant sous les forêts de laurisylve qui descendent presque jusqu'au niveau de la mer et des falaises striées de dykes verticaux issus des éruptions du Miocène. Le Santa Maria de Colombo, une réplique grandeur nature du vaisseau amiral de Christophe Colomb du XVe siècle, suit un programme bi-quotidien et arbore un gréement d'époque ainsi que des figures de proue sculptées à la main provenant des archives maritimes portugaises. Les excursions en catamaran privilégient la stabilité à faible tirant d'eau et le large espace de pont, permettant aux passagers de se déplacer librement lors des rencontres avec les dauphins sans subir le tangage et le roulis des monocoques. La plupart des navires déploient des hydrophones pour suivre les vocalisations des cétacés sous la surface, et des guides naturalistes se réfèrent aux journaux d'observation tenus par le Musée de la Baleine de Madère pour prédire le comportement des espèces. Les heures d'ouverture de la marina s'étendent du petit matin jusqu'aux créneaux de départ en soirée, avec des comptoirs d'enregistrement situés juste à côté des postes d'amarrage sud. La position de Funchal sur le trente-deuxième parallèle la place dans l'une des zones les plus fiables d'Europe pour l'observation marine tout au long de l'année, un fait qui a ancré la réputation de l'île comme terrain d'essai pour les modèles de tourisme durable depuis les années 1990. L'enceinte de la marina elle-même reflète l'économie hybride de Madère — les bateaux de pêche déchargent leurs prises aux côtés des yachts de location, et le quai de carburant dessert des navires allant des semi-rigides aux croiseurs transatlantiques. Les opérateurs proposant des fêtes en bateau à Funchal respectent strictement les réglementations régionales des parcs marins, y compris les zones tampons d'approche pour les mères allaitantes et les restrictions saisonnières près des frayères désignées. La jetée nord du port intègre des pierres récupérées de la jetée originale de Pontinha, un détail qui relie l'activité maritime contemporaine à l'histoire séculaire de l'île en tant que station d'approvisionnement pour les navires à destination de l'Afrique, des Amériques et de l'océan Indien.